Mikrobiální složení, střevního a kožního mikrobiomu má důležitou roli v patogenezi alergických onemocnění. Pro jednotlivá alergická onemocnění byl proveden velký počet klinických studií s použitím různých probiotických kmenů. Byl testován vliv podávání probiotik u následujících onemocnění: alergická rýma, alergické astma, atopická dermatitida, potravinová alergie a gastrointestinální alergie.

Nejlépe je doložen význam ovlivnění bakteriální flóry použitím probiotik jako doplňku v prevenci atopické dermatitidy.  

Nedávno byla zveřejněna studie: „Preventivní účinek probiotik proti ekzému u dětí“, popisuje vztah počátečního střevního mikrobiálního osídlení a atopického ekzému. Počáteční střevní mikrobiální osídlení je nepostradatelné pro regulaci střevní fyziologie a také dozrávání imunitního systému. Poruchy mikrobiálního osídlení zažívacího traktu mohou zvyšovat riziko některých chorobných stavů po narození, ale i v pozdějším věku. Včasná suplementace dodávání probiotik v těhotenství a novorozeneckém období může snížit riziko imunitně zprostředkovaných onemocnění v raném věku. Mohou se tedy stát novým preventivním opatřením.

Výsledky uvedené studie ukázaly, že probiotika mohou významně snížit výskyt atopického ekzému. Další výsledky analýzy podskupin ukázaly, že probiotická směs se zdá být účinnější proti ekzému i atopickému ekzému než jeden probiotický kmen.  Je zajímavé, že podávání probiotik kojícím matkám významně přispělo ke snížení rizika ekzému kojenců. Efekt na snížení závažnosti ekzému byl pozorován i matek. Užíváním probiotik došlo u matek k pozoruhodnému preventivnímu efektu na jejich atopický ekzém. Dále analýza podskupin v časových bodech sledování (podle věku) odhalila, že probiotika se zdají být významně účinná v prevenci ekzému do věku 2 let dítěte. Tento výzkum potvrdil dřívější zjištění, že střevní mikrobiální kolonizace novorozenců začíná ihned po narození, je ovlivněna především způsobem porodu, typem výživy a užíváním antibiotik. První kontakt novorozenců s mikroby zajišťuje mateřský mikrobiom, tedy mikrobiální osídlení matky.

 Počáteční střevní mikrobiální kolonizace je nepostradatelná pro regulaci střevní fyziologie a také pro dozrávání imunitního systému. Poruchy mikrobiální kolonizace mohou zvyšovat riziko některých chorobných stavů, které se projeví již po narození nebo v pozdějším věku.  Včasná suplementace, dodávání probiotik v těhotenství a u novorozence,  napomáhá správnému osídlení střeva a navození rovnováhy imunitního systému. Probiotika tedy, podle dosavadních poznatků, mají potenciál stát se součástí nových preventivních strategií proti rozvoji alergií.